Головний центр спеціального контролю виконує функції Національного центру даних Національної системи сейсмічних спостережень та підвищення безпеки проживання населення у сейсмонебезпечних регіонах, Національного центру даних Міжнародної системи моніторингу Організації Договору про всеосяжну заборону ядерних випробувань та проводить контроль технічними засобами за сейсмічною та радіаційною  обстановкою, а також здійснює інфразвукові, геомагнітні та радіотехнічні дослідження.